Das BJK erarbeitet Positionspapiere und Stellungnahmen in verschiedenen Arbeitsgruppen. In der 16. Legislaturperiode haben acht Arbeitsgruppen ihre Arbeit erfolgreich abgeschlossen: Prof. Dr. Joachim Merchel war Leiter der AG Kinderschutz. Die AG Migration und Teilhabe sowie die ad hoc AG KJHG arbeiteten unter der Leitung von Prof. Dr. Franz Hamburger. Sprecher der AG Zukunftsfähige Kindertagesbetreuung war Uwe Lübking und die AG Jugendpolitik sowie die AG Gender wurden von Klaus Waldmann geleitet. Die AGs Partizipation und Kinderarmut arbeiteten unter Vorsitz von Prof. Dr. Thomas Olk.

Die AG Kinderschutz hat eine Stellungnahme erarbeitet, die das BJK im Dezember 2007 unter dem Titel „Schutz vor Kindeswohlgefährdung – Anmerkungen zur aktuellen Debatte“ verabschiedet hat. Im April 2008 wurde die Stellungnahme „Pluralität ist Normalität für Kinder und Jugendliche. Vernachlässigte Aspekte und problematische Verkürzungen im Integrationsdiskurs“ veröffentlicht, die durch die AG Migration und Teilhabe vorbereitet wurde. Die ad hoc AG KJHG hat eine „Stellungnahme des BJK zur Beratung des Kinderförderungsgesetzes (KiföG)“ erarbeitet und übermittelte diese im April 2008 der Bundesregierung. Die AG Zukunftsfähige Kindertagesbetreuung präsentierte die Stellungnahme zur „Zukunftsfähigkeit von Kindertageseinrichtungen“ zum 13. Deutschen Kinder- und Jugendhilfetag im Juni 2008 in Essen. Das Positionspapier „Zur Neupositionierung von Jugendpolitik: Notwendigkeit und Stolpersteine“ wurde von der AG Jugendpolitik erstellt und im Mai 2009 veröffentlicht. Die im Juni 2009 publizierte Stellungnahme der AG Partizipation widmet sich dem Thema „Partizipation von Kindern und Jugendlichen – Zwischen Anspruch und Wirklichkeit“. Die Problematik der Kinderarmut wurde in der Stellungnahme „Kinderarmut in Deutschland: Eine drängende Handlungsaufforderung an die Politik“ zum Thema gemacht und im August 2009 vom BJK verabschiedet. Abgerundet wurde die Arbeit des BJK durch die Stellungnahme „Schlaue Mädchen – Dumme Jungen? Gegen Verkürzungen im aktuellen Geschlechterdiskurs“, die von der AG Gender vorbereitet und im September 2009 veröffentlicht wurde.

Das Bundesjugendkuratorium wird in seiner Arbeit durch die Arbeitsstelle Kinder- und Jugendpolitik am Deutschen Jugendinstitut unterstützt.